据沃尔特描述，契约号是一艘移民飞船，按照计划要经过七年的飞行从地球到欧瑞加六号星球移民。飞船上有两千名沉睡的移民与一千多个冷冻胚胎，足以让他们在荒芜的星球建立起一个新移民基地。
然而，飞船途径这个星系的时候，遇上了一次恒星的耀斑活动，太阳风暴损坏了飞船，还让船长死于休眠仓故障。在维修飞船时，船员们接收到了来自这颗行星的神秘信号。他们做了一番探察，发现这颗星球是宜居行星。畏惧于此前的休眠事故，船员们决定临时转到这颗星球，再做打算。
可是这颗星球并不像看起来那么美好。船员们刚一登陆，就有两名船员先后被真菌喷出的孢子感染，体内迅速长出了可怕的怪物，吞噬血肉，破体而出，对周围的一切发起攻击。这时候，另一个人造人突然出现，他用信号弹的光驱散了两只怪物，带领船员们来到这座大厅避难。
新的人造人自称大卫，是十年前韦兰德公司神秘失踪的科考船“普罗米修斯号”的船员。大卫跟他们解释说，当年普罗米修斯号奉公司董事长韦兰德的命令前往一颗行星探察，韦兰德认为那里隐藏着人类被外星人创造的秘密。
但实际上，那颗星球是外星人的生化武器基地，藏着极端危险的武器。普罗米修斯号损失惨重，大部分船员罹难。只有首席科学官伊丽莎白·肖博士带着人造人大卫驾驶外星人飞船逃离。肖博士想要进一步探索外星人的秘密，就根据外星飞船的星图追踪到了这颗星球——外星人的母星。
大卫有自己的野心，当初公司制造他的时候给他留下了过多的个性，他不想做人类的奴隶，想当造物主。于是，他释放了外星飞船里的生化武器，消灭了这颗星球的所有动物，又杀死肖博士，用她的身体和生化武器做实验。最终，他制造出了一种基因变异的可怕怪物。
“你们看到的那种灰白色怪物，只是不完全体，是从船员血肉里长出来的版本。据我所知，它们一共有两只，一只在当年就被副船长杀死，另一只现在被你们杀死。后来，大卫又研制出一种黑色怪物，不仅继承了灰白色怪物的酸性血液和凶残个性，还获得了更强的战斗力。它们要比现在这种危险得多。”
“那他为什么还要救你们？”约翰尼不解地问。
“他想要获取外界的情报，还想利用移民飞船的胚胎和身体来孵化他独创的怪物。”沃尔特解释，“到了最后，船员们几乎被他利用怪物杀了个干净，我奋力阻止，却被他打败，成了现在的样子。他伪装成了我，骗取幸存船员的信任，回到契约号上了。后面会怎么样，我就不知道了。”
五个人也没空管移民飞船的事情，这里根本联系不上，他们只能就近顾着眼前。
“你知道怎么修好自己吗？”史蒂夫问，“我们缺少工具，也不懂技术。”
“你们可以暂时不管我，”人造人沃尔特说，“大卫制造怪物的生化实验室还在这栋房子里。我建议你们先去摧毁那里，确保自己的安全，再来考虑修复我的事情。那种怪物只吃血肉，不吃植物也不吃人造人，我是安全的。”
“好吧，那你多保——”史蒂夫说到一半觉得不对，沃尔特这副瘫痪的样子实在谈不上多保重，他只好硬生生改成了，“再见。”
“再见。”沃尔特躺在那一滩黏稠的人造人白浆里，平静地对他说。
他们很快找到了大卫的实验室。那里有解剖的人体和外星原住民，也有大大小小的怪物标本，展现出了那个疯狂的人造人如何一步步创造出那种恐怖怪物的过程。
汤姆脸色苍白，显然对自己看见的一切感到不适：“我终于明白为什么大地在哭泣了，这里的生命几乎都毁灭了。只有植物勉强存活，但也处在崩溃的边缘。菌类则发生了奇怪的变异，喷出的孢子能让人体内长出怪物。”
地上躺着一具人类尸体，已经被啃得只剩下白骨。毫无疑问，这是真正的人类，应该就是契约号上的船员。
他们绕过尸体，进入地下室，里面又潮又热，地面仿佛被黏菌肉毯覆盖着，踩上去很柔软，还有蠕动的感觉。黏菌上面长着几个半人高的巨卵，其中一个已经张开，剩余几个闭合着。
突然进来的人类似乎唤醒了它们。剩下的巨大怪卵纷纷四面展开，下一秒，五只类似蝎子或螃蟹的虫子猛地从里面扑出来，直接冲他们的面部而来。